健康數位科技學系的辦學宗旨為：「致力於推動數位應用教育之相關活動，以培養理論與實務兼備的數位應用人才為宗旨」。教育目標為培養學生專業知識能力（數位應用能力及進修碩士能力）和核心就業力（良好工作態度、表達與溝通能力、團隊合作能力、外語能力）。