本系前身為資訊管理學系與資訊工程學系。兩系均於民國八十九年創校時成立，並於九十六學年度分別成立碩士班。資訊管理學系於九十七學年度更名為資訊科學與應用學系。兩系於九十八學年度合併成為數位應用學系。

有鑑於國家推動長照2.0計畫與健康產業日益受到政府與國人重視，本系在原有的科技基礎能力下配合全校發展特色，聚焦於健康產業之科技開發與應用，經教育部核定於一百零七學年度更名為健康數位科技學系。